中西医哲学基础不同，方法论迥异。我们认为，中医药学与西医药学各有各的优势，是互相补充而又不能相互取代的人类两大医疗保健体系。中医之优势，是指其他医学不能而自己独能做到者，或虽都能做到，中医比其他医学做的更好。中医优势很多，仅从中医对人类健康长寿作用方面及卫生经济学方面来看，主要包括以下几种：
1.预测未来疾病的发生、性质和趋势
中医五运六气学说就是运用五运、六气的基本原理，解释气候变化的年度时间规律及其对人体发病的影响，此乃中医之精华，借此可以预测未来年份疾病的发生、性质。SARS期间，邓铁涛教授认为，根据五运六气，是年癸未年，太阴湿土司天，太阳寒水在泉，出现在春温时节是正常的；随夏季来临，气温升高，SARS将缓解乃至消失。SARS到2003年5月21日结束，此后再无SARS新病人。
2.中医讲究养生保健
中医讲究：“上医医未病之病，中医医欲病之病，下医医已病之病”，不仅是防病于未然，更是养生保健，使人健康长寿，不得病，无疾而终，是为“不战而屈人之兵”，善之善者也。
中医养生有多种方法，如：运动养生（导引、八段锦）、饮食养生（食疗）、音乐养生（古筝、古琴）、书法养生（书法绘画）。此外中医养生法甚多，如孙思邈倡导养生13法，发宜常梳、齿宜常叩、耳宜常鸣、腹宜常摩等。
中医养生保健绝非现代医学之预防。中医之养生保健首先是调理人之身心状态，摄足五味，劳逸适度，其次才是运用药物、针刺等疗法，调理脏腑、经络、气血，这些足以解决西医毫无办法的“亚健康”问题。养生的意义大于预防。
3.中医非药物疗法可以养生、保健和治疗
中医不仅用药，还有各种非药物疗法：砭、针、灸、导引按跷、拔罐、刮痧、按摩、点穴等。各种非药物疗法可以养生，也可以对各种疾病进行治疗，尤其是，人们可以再医生指导下用非药物疗法自我治疗和保健。非药物疗法与用药一样，也是调动人体的自康复能力。
4.中医擅长治疗慢性病、老年病和疑难杂症
中医不仅能治疗常见病、多发病，而且对慢性病、老年病、疑难杂症非常有效。如针灸治疗带状疱疹后遗神经痛、重度失眠、特发性口唇水肿、离心性环状红斑、湿疹、痤疮、中风后遗肢体功能障碍等。凤凰卫视主播刘海若在英国车祸脑损伤昏迷，经配合高压氧舱、电刺激、神经营养、针灸、中药治疗后，刘海若恢复了神志、并且可以开口讲话。
5.中医药最大的优势是治疗急性病和预防外感热病
中医治疗急性病由来已久。董建华教授说过：“我国历史上的名医都是治疗急症的能手。中医在治疗流行性出血热、急性肺炎、机型肾功能衰竭、上消化道出血、心肌梗死、急性胰腺炎、乙型脑炎\外感高热等急重症方面，都已取得了相当好的效果。所谓外感热病，即西医说的病毒性传染病，如SARS、艾滋病、“禽流感”等，迄今为止，现代医学对此没有有效疗法。西医要杀灭病毒，苦于没有找到合适药物。疫苗似乎是个好的预防方法，遗憾的是，大多数情况下，病毒变异太快，疫苗研制无法跟得上病毒的变异，而且疫苗有毒副作用。
中医不主张杀灭病毒，只需扶正祛邪，主张调动人的自康复能力，与之和平相处，中医这一优势是其他医学所不具备的。
1956年，石家庄流行乙型脑炎，师仲景法用白虎汤，疗效超过世界水平；次年唐山、北京流行乙型脑炎，蒲辅周老先生在白虎汤基础上增加一味苍术，死亡率从30%下降到10%一下；1958年，广州流行性乙型脑炎，中医疗效也达90%，且无后遗症。
SARS期间，全球平均病死率11%，中国内地为7%，台湾为27%、香港和新加坡均为17%。因中医的介入，中国内地SARS的病死率大大低于其他国家和地区。由于广州中医介入最早最深，广州SARS死亡率仅为3.4%。广州中医药大学附属一院治疗48例SARS病人，采用中医疗法治愈，始终未用呼吸机，创造了三个“零”的奇迹：零死亡、零转院、医护人员零感染。
由于大量使用激素等药物，西医治疗的SARS病人患肺部纤维化和骨坏死病的人至少1/3以上，以中医治疗的病人至今尚未发现特别的后遗症。
6.中医简便廉验
与西医相比，中医的另一个优势是简便廉验。“简”是指中医能化繁为简，只需望闻问切即可确定病情，辨证论治，所谓“大道至简”；“便”是可以就地取材以及所施手法方便，所谓“天生万物，无一非药石”。“廉”是中医治疗费用少，往往是现代医学治疗费用的十分之一甚至百分之一；“验”是中医疗效好，几十年中医治疗医闹、流行性出血热、SARS、艾滋病就是明证。
屠呦呦现为中国中医科学院首席科学家，多年从事中药和中西药结合研究，2015年10月因发现青蒿素（其可以有效降低疟疾患者的死亡率），获得诺贝尔生理学或医学奖，是中医药成果获得的最高奖项。